Calibre guarda los libros en una Carpeta con el nombre del autor y dentro otra con el titulo del libro y dentro de esta el libro en epub con titulo y nombre del autor.

Ejemplo: George R. R. Martin / Juego de Tronos / Juego de Tronos - George R. R. Martin.epub

Quiero que los guarde Autor / Serie / Libro (Solo el Título)

Ejemplo: George R. R. Martin / Canción de hielo y fuego / Juego de Tronos.epub

¿Hay alguna manera de hacerlo?
No, es como funciona calibre y no hay manera de cambiarlo. Si lo quieres para enviar a disco, habría forma de hacerlo con las plantillas de "Salvar como" y demás, pero si es simplemente porque no te gusta cómo lo guarda y querría cambiarlo, lo siento, no. Si quieres tenerlo en disco de otra forma, no uses calibre. Y no es por ser brusca, es que una vez que entran los libros en calibre, su organización es suya y no tienes nada que decir, porque están colocados para que funcione lo más eficientemente posible.