Bevor man dass Plugin ausführt, muss man in Sigil links im Datei-Browser auf die Datei mit den Endnoten rechtsklicken und dann Semantik hinzufügen... > Anmerkungen (notes) auswählen, damit das Plugin weiß, in welcher Datei die Fußnotendefinitionen stehen. Von den anderen Information braucht das Plugin nur:

Anchor class:
Das ist die Klasse, mit der Verweise auf Fußnoten formatiert sind. In der Beispieldatei war das z.B. der folgende Eintrag:
In der Datei von Deinem Freund wäre das dann calibre5.

Definition class:
Das ist die Klasse, mit der Fußnotendefinitionen definiert sind.
In der Beispieldatei war das z.B der folgende Eintrag:
In der Datei von Deinem Freund wäre das ebenfalls note.

(Alle anderen Voreinstellungen können so bleiben, wie sind.)

Anhand dieser Informationen zählt das Plugin die Anzahl der Fußnoten in der Datei, die mittels Semantik hinzufügen... > Anmerkungen (notes) als Fußnotendatei definiert wurden und sucht anschließend nach Fußnotenverweisen in allen HTML-Dateien. Wenn die Anzahl der Verweise mit der Anzahl der Fußnotendefinitionen übereinstimmt, wird der erste Verweis mit der ersten Fußnotendefinition verlinkt, der zweite Verweis mit der zweiten Definition usw.

Einige ältere Apps und Lesegeräte unterstützen Kapitälchen tatsächlich nicht. Wenn Abwärtskompatibilität für Dich wichtig ist, solltest Du bei Deiner Methode bleiben.
Danke, das Semantik auswählen war es! Jetzt hat es geklappt. In deiner Beispieldatei war das wohl schon so angewählt, deshalb konnte ich keinen Fehler finden.
Dann werd ich mal noch ein bisgen probieren, wie ich das verklicker, daß das ein "Greenhorn" auch versteht, auf jeden Fall ist es einfacher als das händische Verlinken.
Wichtig ist, daß er die FN im Finereader schon rausnimmt und hintenan stellt, und daß die Verweise im Text gleich formatiert sind. Es ist schon eine große Hilfe, wenn man nicht den Weg über ein Textprogramm gehen will/kann.
Vielen Dank-

Danke, gleichfalls!